YENİ BİR DNA MOTİFİ KEŞFEDİLDİ!

Bu yılın başında bilim insanları, yaşayan hücrelerde çifte sarmal haricinde yeni bir DNA yapısı keşfettikleri açıkladılar. Yaşayan hücrelerde tespit edilen DNA yapısı bükülmüş bir ilmeğe benziyor. Normalde DNA mükemmel simetrisiyle çifte halkalı yapısıyla biliniyor. Fakat yeni bulgular DNA’nın sadece çifte sarmal simetrisinden farklı simetrileri de ihtiyaç duyabileceğini gösteriyor. Garvan Medikal Araştırma Enstitüsü’nden Daniel Christ,” Çoğumuz DNA’nın çifte sarmaldan ibaret olduğunu düşünürdük. Fakat bu yeni araştırmayla DNA’nın farklı yapıları olabileceğini ve bunların  hücrelerimiz için önemli olduğunu gördük,” diyor.

i-Motif İlk Kez Canlı Hücrede Gözlendi
Bu DNA bileşenine intercalated motif (i-motif yani arakatkılı motif) deniyor. 1990larda keşfedilen bu hücre daha önce sadece yapay ortamda gözlenmişti. Bu çalışmada ilk kez canlı hücrelerde gözlenmiş oldu. Normalde Nobel ödüllü  Watson ve Crick modelinde çifte heliks yapısı hepimiz için tanıdık olsa da bu ara sarmal gerçekten sürpriz niteliğinde. “Bu i-Motif, DNA’nın dört sarmallı düğümüdür,” olarak açıklıyor genomcu Marcel Dinger. “Düğümlü yapıda C(sitozin) harfleri DNA’da aynı dizgide birbirine bağlanıyor ki, bu çifte sarmalde görülmemiş bir şey,sitozin ve guaninlerin bağlandığı yerde karşıt dizinler birbirine tanıyor. “ diyor.   Araştırmanın ilk yazarlarından Mahdi Zeraati i-motifin, A-DNA, Z-DNA, triplex DNA ve Cruciform DNA  vb. çifte sarmal olmayan DNA formlarından biri olduğunu belirtiyor. Daha önce 2013’de  G*quadruplex adı verilen bir DNA yapısı, ilk kez insan hücresinde gözlenmişti. 10 yıldan beri süren araştırmada elde edilen bulgular , hipotez olarak yaşayan insan hücrelerinde bu yapıların bulunabileceğini gösteriyordu. Sanal ortamdaki sentetik modellemeler ve sonunda insan kanser hücrelerinde floresan biyo işaretleyiciler sayesinde dörtlü sarmal gözlenebildi.

Nisan ayında Zeraati ve arkadaş araştırmacılar aynı tekniği kullanarak özel olarak antibadi fragmanı(iMab) geliştirerek, i-motifleri bağladılar. İşte hücredeki bu bölge immünofloresan parlama ile tanımlandı. “Bu yeşil bölgeler içinde asıl bizi heyecanlandıran, i-motiflerin göründükten sonra zamanla yokolmasıdır. Yani bunların oluştuğunun, çözüldüğünü ve yeniden oluştuğunu anlıyoruz,” diyor Zeraati.

Halen i-motif yapıları hakkında öğrenilecek çok şey olsa da bu geçici i-motiflerin hücrenin G1 fazında , yani DNA’nın aktif olarak okunduğu zamanda oluştuğu biliniyor.Ayrıca i-motifler DNA’da genleri açma-kapandığı telomerlerde aktifleştirici bölgeler olarak da geçiyor. Zeraati’nin açıkladığı gibi, cevaplar sadece i-motifi için değil, A-DNA, Z-DNA, tripleks DNA ve haç biçiminde DNA için de önemli olabilir. Artık i-motiflerin DNA’da var olduğunu kesin olarak biliyoruz, bu gibi yapıların vücudumuzdaki işlevleri ile pek çok farklı yapının gizemi aydınlatılabilir.

 Araştırma Nature Chemistry dergisinde yayınlandı.

Kaynak:
https://www.gercekbilim.com/insan-hucrelerinde-yeni-bir-dna-yapisi/